Puskesmas Kendalsari berdiri ditanah seluas 2050 m2, mulai beroperasi tanggal 9 Mei 1984 dipimpin dr. Doddy Widjanarko dengan melaksanakan sebagian program puskesmas , antara lain : Pengobatan umum dan KIA/KB , sedangkan apoteknya jadi satu ruangan dengan BP (karena personel yg terbatas yang waktu itu tidak sampai 10 orang), untuk Imunisasi Vaksin disimpan di lemari Es yang memakai tenaga minyak tanah, dan sarana jalan menuju Puskesmas masih becek.
Tahun 1991 dr. Doddy Widjanarko melanjutkan pendidikan ke spesialis dengan mengukir prestasi di puskesmas Kendalsari sebagai Puskesmas Berprestasi Kodya Malang tahun 1991.
Jabatan Kepala Puskesmas digantikan oleh dr. Retno Setyowati sampai tahun 1999 dengan peningkatan pelaksanaan berbagai program dan bertambahnya pegawai. Dr. Retno Setyowati kemudian diganti oleh dr. Hersusilowati sampai tahun 2003 dengan bangunan yang juga bertambah lengkap. Ditahun yang sama Puskesmas Kendalsari berganti pimpinan dengan drg. Erlina Irmawati sebagai Plt sampai akhir 2004 dan awal 2005 drg. Erlina Irmawati jadi Kepala Puskesmas Kendalsari yang difinitif sampai juni 2012 dengan meninggalkan gedung Puskesmas yang megah ada rawat inap dan UGD 24 jam yang mulai buka akhir 2007.
Juli 2012 Kepala UPT Puskesmas Kendalsari dijabat oleh drg. Satindri Setyo Palupi, meskipun beliau menjabat hanya sebentar akan tetapi banyak perubahan pada rasa kekeluargaan antar sesama pegawai bertambah akrab sampai 17 Oktober 2013 dan diganti oleh dr. Husnul Muarif yang menjabat hanya sekitar 4 bulan kemudian diganti oleh dr. Ida Megawati yang juga hanya 4 Bulan. Per Januari 2014 Kepala Puskesmas Kendalsari dijabat oleh dr. Lisna sampai awal tahun 2017. Pada tanggal 17 Januari 2017 tampuk pimpinan Puskesmas Kendalsari dipegang kembali oleh drg. Satindri Setyo Palupi sampai sekarang.